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通过有益微生物和蚯蚓的生命活动，产生了生长素、细胞分裂素、赤霉素、吲哚酸等植物激素，促进植物生长，调控植物代谢；还会产生大量多糖。其中的有益微生物还能产生拮抗活性强、抗菌谱广的抗生素，限制病原菌的生长，使植物土传病害得到抑制。
蚯蚓的粪便在地表很容易看得见，一团团很像是泥土的样子，但颜色和泥土还是很容易分辨出来的，在一些植被茂盛、潮湿之地，经常可以看到很多很多的蚯蚓粪，蚯蚓的便便是一种营养丰富的肥料，之所以被称之为有机肥，这个名头可不是白来的，蚯蚓粪是不用发酵就能直接使用的粪便，而且肥力温和、没有刺激性，不会烧灼植物的根系，对于植物生长是极为有利的，经常使用蚯蚓粪作为肥料，土壤的松软度也会有很好的改良作用。
蚯蚓粪中还富含各种微生物，微生物不仅可以使复杂的物质矿化为易于植物吸收的有效营养成分，还能合成一系列有生物活性的物质，如糖、氨基酸、维生素等，这是蚯蚓粪所特有的性质。正是因为蚯蚓粪含有大量的营养物质，和微生物菌群，对植物生长有着神奇的效果，才被誉为“有机肥”。
